《真人快打9》的游戏故事是紧接在八代《真人快打：末日战场》之后的情节，但时空背景会来到最初的一、二、三代的故事发生之际。故事主线会由雷神开始，就在绍康(Shao Kahn)要杀死他之际，他向过去的自己(一代)传递了讯息。

　　接着故事就会回到一代的时空，雷神会尝试去了解自己所接收到的异象和讯息，以避免一连串将会招致大毁灭的事件发生，因此这次的故事背景虽然回归到前三代，但故事剧情却会有着大幅度的变化。

　　玩家在故事进行当中将会切换到不同的角色，开发者表示，在一般的动作格斗游戏中，通常故事是最容易遭到忽略的部份。但在本作中，不同的举动将会影响故事有不同的发展。

配置要求

最低配置 CPUIntel Core2 3.0GHz/AMD同性能CPU 显卡nVidia GTX260/ATI Radeon HD4870 内存2GB以上 硬盘8GB以上空间 系统WinXP/Win7/Win8

安装说明

　　开始游戏或者解压缩游戏时候注意关闭杀毒软件，防止误杀免DVD文件。

　　已整合免DVD补丁+汉化包3.3，游戏路径最好是全英文路径。

　　1). 使用winrar软件解压缩到硬盘任意目录

　　2). 执行开始游戏.exe

　　游戏不支持XP系统

　　说明：

　　游戏文件夹中\_CommonRedist文件夹里面的是，游戏必需的运行库。

必备运行库

　　Microsoft .NET Framework 3.5

　　说明：必备运行库即是真人快打9游戏运行所必须要安装的程序，如果没有这些程序，游戏可能无法正常运行。