游戏的门派有正派、邪派、中立这三个，每种门派都需要达到一定的条件才可以加入，未达成条件就不能加入该门派。一般的玩家都会选择正派门派加入，少部分玩家会进入邪派和中立。中立的要求是最低的，只要正气值和邪气值只差不超过二十点，就可以加入中立门派。正派和邪派需要有对应的正气值和邪气值，部分大派需要五十点才可以加入，小门派只需要二十点。小门派虽然规模较小，但是仍然有上品的功法，真正打起来也说不好孰优孰劣，还得看角色的属性。

在一众门派之中，还有几个隐藏的门派，这些隐藏的门派都需要达成特殊的条件才可以加入，并不是简单的正气值和邪气值。丐帮是最早能够碰见的隐藏门派，通关第二章以后，将陈年女儿红送给石海风就可以成为丐帮的弟子。丐帮弟子没有要求角色的性别，女角色也可以加入丐帮。丐帮的整体武功处在中上品质，只有顶级功法才能和其他大派相比。丐帮的心法和内功比较一般，达到学习的条件以后，可以进行选择性学习，没有必要全部练满，转去投下一个隐藏门派比较好。推荐的隐藏门派是蓬莱岛和问情宫，前者有着较强的心法和武功，后者则是全能门派，所有的功法都不差。

蓬莱岛是第五章解锁的隐藏门派，做完任务就能加入蓬莱岛。蓬莱岛的师门任务有三个时间，最短的是十六小时，最长的时间为二十四小时。蓬莱仙岛的绝学非常多，可以学习落英神剑和玉箫剑法，最后还有痴心情长剑可以学习。蓬莱岛的顶级内功为青帝神功，学习青帝神功以前，需要把碧涛神功练到三百级以上，不到三百级就没有学习青帝神功的资格。青帝神功是蓬莱岛的声望绝学，轻功内功双属性武学，武学的属性系数非常高，但是携带的技能比较一般，在战斗中的作用比较小，属于顶级武学范围之内。碧涛神功是蓬莱岛的核心绝学，击中敌人会有遗忘的效果，短时间内无法使用各种顶级武学。该绝学的概率是一个比较大的问题，遗忘的效果一般都很难附着上去，基本比不上其他的顶级内功和顶级绝学，前期可以使用，对群体敌人的效果比较不错。在达到五转以后，蓬莱岛的绝学功法基本可以放在仓库，用其他的门派武功更好。