PyMOL 是一款专业可视化的三维结构显示工具，支持多种图像格式，包括pdb、sdf等，软件提供了创建相应的分子动画必备的工具，同时还可以实现自动插值，循环和光线跟踪帧，图像帧缓存，慢动作模拟等操作。

【功能亮点】

　　统一的现代用户界面

　　PyQt接口取代TCL/TK和MacPyMOL在所有平台上

　　蟒蛇分布

　　更好的第三方插件和自定义脚本支持

　　开放存取激励可执行文件

　　自由评价政策

【软件特色】

　　1、提供了强大实用的绘图工具

　　2、PyMOL支持多种图像格式，包括PDB、SDF

　　3、生成的PyMOL结构可以导出到VRML

　　4、PyMOL可以使用各种图像表示方法显示分子数据

　　5、具有可定制的颜色，结构标签，可调对象透明度，输出和控制大小，自动缩放，文本覆盖和可定制的鼠标控件

【使用教程】

　　文件的打开有两种方式：一种是将pdb格式的蛋白文件直接拖到桌面快捷方式上;另一种是从菜单栏File/Open打开文件。打开方式与大多数软件相似，打开后的结果如下图。

　　更改模型的显示方式。点击all图层上的H(Hide)标签，隐藏所有的显示方式对应的模型;点击all图层上的S(Show)标签，选择所需的模型显示方式(这里选择cartoon);点击all图层上的C(Color)标签，更改模型着色方式，这里选spectrum，颜色选rainbow。下图是更改显示方式后的效果。

　　鼠标对模型的操作。常用的鼠标操作方式如下表，选择合适的显示视角即可。

　　鼠标操作方式：

　　按下鼠标左键拖动：模型围绕指针旋转

　　按下鼠标中键拖动：平移

　　按下鼠标中键拖动：放大缩小

　　图片的渲染与导出。只需要在命令行输入“ray 900,900”，随后按回车键即可进行光影着色。这里的数字900是图片的长和宽的像素数，根据需求自由设置。渲染完成后的效果如下(注意：此时点击渲染好的图片又会返回模型编辑模式)。

　　最后，选择file/Save Image As/PNG...即可导出图片到指定位置。最终导出的模型的效果结果如下。

【命令语法】

　　PyMOL> keyword argument

　　但并不是所以命令都需要变量，比如退出命令，我们就可以直接输入PyMOL>quit,然而需要变量的命令依旧占据了大多数，可以分为单变量命令和多变量命令，单变量命令指的是对于某些命令，我们只可以输入一个变量，比如放大命令zoom，但是同时你会发现不加任何变量这个命令也可以被执行，这是因为PyMOL对单变量命令有一个默认的变量，对于放大命令zoom来说，all就是它的默认变量，即

　　PyMOL>zoom等同于PyMOL>zoom all

　　多变量命令可以带多个变量，比如说假如我想将对象的的颜色变为红色，我们可以使用 PyMOL>color red这个命令，但是操作后我们会发现这样的命令没有办法指定某一部分变色，于是我们可以选中我们需要的部分，采用以下的命令

　　PyMOL>color green，sele

　　这里的sele就是除了颜色以外的第二个变量。

【更新日志】

　　V2.2.0（2018.7.24）

　　新版特征：

　　具有基本样式（颜色、表示、标签）的MAE出口

　　群层次的MAE导出

　　核酸诱变向导

　　具有属性的MAE导出

　　图形界面：

　　对象菜单中的分组：A>组>…

　　从序列查看器更新二级结构：右击> SS>…

　　原子右键单击>对象>禁用其他

　　开放源码PyMOL更新：

　　shaders移植和相关的图形代码从pymol：激励

　　改进的标签：多线支持，背景颜色，连接器（_ *各种标签设置）

　　支持背景图像（图像文件名_ _ BG）

　　透明（透明度_阶独立模式（3）

　　固定棒_球设置

　　“线”的碰撞与固定在低端的图形驱动程序

　　移动到GitHub的代码库

　　bug修复：

　　双通配符选择（A*B*C）https://sourceforge.net/p/pymol/bugs/209/

　　APBS插件：4位坐标处理（例如x>＝1000）

　　SDF出口：不要写零级债券

　　批处理模式：https://sourceforge.net/p/pymol/mailman/message/36301454/

　　状态之间的距离测量