RNAdraw 是一款专业简洁的RNA二级结构分析软件，能够对RNA一级序列进行二级结构分析并作图，可以导入DOS/UNIX格式的文本数据文件，并可以可以进行多文档窗口打开的数据处理，帮助用户轻松对RNA序列进行筛选。

【功能特性】

　　1、RNAdraw 是windows下的多文档窗口(multiple document interface)软件，允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。主窗口底部状态栏最左边的方框显示鼠标所在的菜单命令的提示信息，而右边三个方框提供了当前激活窗口内容的信息。

　　2、RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠标右键菜单打开的菜单显示对鼠标当前所指向的对象/窗口可以使用的功能列表。 工具条上的两个按钮打开即时帮助（左边的按钮）或当前激活窗口的帮助（右边的按钮）

　　3、RNA文库（RNA Library）用一种容易操作的方式来组织你所有的RNA数据文件。用户定制RNA文库（Customize RNA Library）工具条/菜单选项可以让你打开一个窗口，使用右键菜单可以增加/移动/删除文库条目通过工具条上能量参数按钮或右键菜单计算前的选择项.右键能量参数菜单包括恢复/重新设置数值、保存/载入参数方案等功能。

　　4、在RNAdraw中可以导入以下格式的文件:

　　DOS/UNIX文本文件可以导入到序列编辑窗口和序列信息编辑窗口。

　　GenBank查找的结果文件可以导入到RNAdraw. 不同的组成内容会被放到相应字段中去。

　　RNAfold结构计算输出文件可以当成新文件导入，也可以与现存的文件合并。这样就可以利用UNIX强大的计算功能来计算，然后用RNAdraw来处理结果。

　　Mfold关联Connect (.ct,.con ( GCG PlotFold -H ))文件可以当成新文件导入，也可以与现存的文件合并。这样就可以用M. Zukers不同版本的mfold程序来计算最佳的结构然后用RNAdraw来处理结果。

　　5、RNAdraw可以导出以下格式文件：

　　序列可以导出为文本文件或拷贝到剪贴板

　　二级结构可以导出为.ct (connect) 文件

　　热力学曲线导出为一个由两列数字组成的文本文件

　　结构/矩阵/热力学曲线/概率柱状图可以导出为：

　　Windows位图文件(.bmp)

　　Windows 标准/ 便携placeable (推荐，在许多应用程序中经常使用)/增强(Win32 only)图元文件, 这样可以将结构图插入到诸如微软Word之类的文件中

【使用方法】

　　1、点击“File，在下拉菜单中选择 ” “New File，输入你想要的文件名，点 ” OK。出现以下界面

　　点击文件下的子文件，双击，进行你的序列导入。通常进行 RNA 结构的计

　　算时，输入的基因序列达到数千个之多， 但由于软件本身与电脑的计算能力有限，建议先查找目的物的亚基所对应的基因来分别进行计算。

　　同时通过人工输入长序列会很麻烦，在序列输入时可以 copy and paste。在序列输入框中右击出现的下拉菜单中选择 clipboard，在子菜单中选择 paste from，来粘贴你所复制的序列。然后回车。序列输入完毕。

　　2、二级结构的计算

　　序列导入完成后，于文件下子目录上右击在下拉菜单中选择 calculate，在子菜单中选择 structure(s)，进行计算（各项条件默认，如果有条件可以改变条件设置）。以下为计算后程序框

　　双击蓝色部分：

　　在弹出的窗口上右击，选择 view structure。则出现了该序列的 2D 结构。

　　3、siRNA 靶点的筛选

　　在 siRNA 设计过程中，通过如 Ambiom siRNA Target Finder，所选取的可能的靶序列中，有些会存在空间阻碍，从而影响设计的 siRNA 的沉默效率。所以对得到的靶序列利用 RNAdraw 进行二级结构进行筛选。

　　通常利用 Ambiom siRNA Target Finder 所查找到的靶序列会标有序列起点核苷酸编号，通过这个编号在 RNAdraw 上进行序列筛选。

　　在 RNAdraw 的二级结构计算图上右击选择 show mode，在对话框中继续勾选 show bases和 loop numbers，选择 Label Rate为 1。

　　点击 ok 后出现了带有碱基，编号，还有二级序列的结构图， 右击可以进行放大

　　通过靶序列对应的核苷酸编号， 来对应基因二级结构上的序号， 惊醒空间结构的筛选。将空间阻碍大的序列进行排除。

　　4、文件的保存

　　在我们筛选完后可能有的结构还需要检查， 要对文件进行保存。 右键点击主文件，选择 save file，保存到电脑。下次使用时，直接拖如程序框即可。